През 1569 г. Франциско отплавал за Перу, приемайки най-предизвикателната и отговорна работа в испанската империя - Вицекрал на Перу. Изтощителното пътуване продължило близо цяла година през почти непознатите и слабо изследвани води на Атлантическия океан и после покрай тихоокеанското крайбрежие на Южна Америка до Перу. На 30 Ноември 1569г. Франциско пристигнал в испанската столица на Перу, Лима. Загрижени да получат неговото благоразположение, местните благородници му устроили ентусиазирано посрещане. Но в писмо до крал Филип той тайно доверил възмушението си от анархията и беззаконието в малкия пограничен град сред неговите управници и земевладелци.

От една страна това били забогателите земевладелци, които се биели помежду си и поробвали индианците. От друга страна църквата смятала, че има моралното право не само над индианските души, но и над техния труд. Цялата колония се прехранвала от тежкия труд на индианците, възползвайки се от тяхното невежество. Не е изненадващо, че местното население едва сдържало своето негодувание и недоволство. Франциско веднага разбрал, къде да фокусира реформите.

"Информиран съм, че индианците не са свободни в резултат на своята слабост и голямото страхопочитание, което изпитват към испанците. Следователно мое задължение като техен защитник е да гледам да не бъдат измамени в работата им." Франциско научил също, че изгнаническият дворец на инките, създаден във Вилкабамба, вече бил в центъра на яростни размирици и бунтове, които бушували от години. Когато Толедо пристигнал в Перу, той симпатизирал на инките. От друга страна по онова време имало голямо въстание на инките, които се оттеглили във Вилкабамба и това можело да заплаши целия процес на завладяването и колонизацията от испанците.

Франциско трябвало някак си да въведе ред в тази опасна и хаотична ситуация. Разбирал, че никога няма да може да оправи нещата, докато не вникне дълбоко тяхната същност. И така той решил да предприеме нещо, което за времето си било абсолютно необикновено и забележително – едно пътуване, обиколка с цел проучване, за да открие какво се е случило в колонията. "Ясно разбирах, че не бих могъл да управлявам испанците или индианците с необходимото усърдие, така че да служа на Бог и Ваше Величество, докато не видя страната, не я обходя и изследвам."

Днес бихме го нарекли социално проучване. Тогава това е било съвсем новаторско. До този момент управлението се базирало само на бруталност и използване на армията. Толедо предложил управление, основано на знание, което го направило много прогресивен за времето си човек. И така през 1570 г. Толедо започнал забележителното си изследователско пътешествие през земите и останките на обширната империя на инките. Пътуването продължило пет години. Придружен от преводачи и писари, той обиколил колонията от единия до другия край, разговаряйки с индианци и испанци, събирайки данни за населението, земевладенията, ресурсите, местната история.

През годините на пътешествието той събрал около 600 000 удивително интересни документа. Когато Франциско слушал индианските разкази, той постепенно започнал да разбира размерите на тяхната катастрофа. Те не само били подчинени от испанските завоеватели, но и стотици и хиляди от тях загинали. Унищожителни епидемии от европейски болести, към които те нямали имунитет, вече били ликвидирали повече от половината от индианското население на Перу. За около 30 години след пристигането на Писаро почти един милион души починали от грипове, настинки, морбили, шарки.

В отчаянието си много хора фокусирали нереалните си надежди за избавление към последното убежище на инките. Франциско започнал да вярва, че Вилкабамба, символът на индианските стремежи за спасение, трябва да бъде унищожен. Той продължил пътуването си. Целта му била да обиколи цялата територия от мястото, където е сегашният град Кито, столица на Еквадор, до Боливия. Докато пътувал, научил някои интересни факти. Империята на инките се състояла от много различни племена. Самите инки всъщности били само едно от тях и те доминирали над останалите, но това се случило сравнително от скоро, от около 100 години преди нашествието на испанците.

Също както испанците и те водили ожесточена война за завладяване на страната. Не липсвали данни и доказателства за бруталността на инките към по-слабите племена. Инките били тирани, а също така и узурпатори в управлението на тези земи. Мисля, че той е търсел аргументи, за да оправдае испанското нашествие частично в този регион. И разбрал, че за извинение може да послужи обвинението спрямо инките като тирани и диктатори, които наложили управлението си чрез насилствено завладяване на населението. И по този начин испанското нашествие би могло да се представи като някакъв вид освободителен процес.

И той не грешал. Какво се случва, когато използваш думата “тиранин”, която е и с морален контекст? Инките имали авторитарна система, с имперски военни сили, които били крайно брутални и жестоки и прилагали мъчения и изтезания, които биха ни скандализирали, ако се използват в европейските войни. Когато Франциско обмислял какви са реалностите, които открил при пътуването си, всякакви съмнения, каквито може да е имал относно легитимността на испанското нашествие, се изпарили. С присъщата си акуратност и задълбоченост той предложил план, брилянтно аргументиран, съвършено последователен и тотално драконовски.

Представата му била да се създаде Велико Кралство със сурово правосъдие в Перу. Възнамерявал да наложи испанската власт над борещите се за надмощие земевладелци и също над църквата. Знаел, че ще си спечели врагове в тяхно лице. Но въпреки това направил, каквото смятал за правилно. Решил да реорганизира тотално индианския свят, така че те да приемат правото и авторитета на Испанската корона. Индианците трябвало да бъдат преместени от техните отдалечени поселища в по-достъпни градове, където да плащат данъци на Испания и да ползват протекциите й. И той щял да настоява, че като поданици на Испания, те имат права.

Но трябвало да се плати ужасна цена за осъществяване представата на Франциско относно социалния ред в Перу. Там нямало място за Вилкабамба. Не е възможно да има двама крале в колонията. Вилкабамба и цялата останала власт на инкските крале трябвало да бъдат унищожени. За Франциско било неизвестно, че кралят на инките, когото решил да унищожи, Тупак Амару, бил още момче, юноша. Скрит от жреците на инките във Вилкабамба, той бил дълбоко религиозен и не знаел нищо за външния свят. Бил благороден, чаровен, много красив и както изглеждало не твърде умен.

Тупак Амару бил много млад, когато го коронясали за крал на инките. Смятали го за “ути”, което означавало някакъв вид умствена изостналост, нещо като човек, който не е най-бързия, най-будния. Тупак Амару бил твърде млад. Не вярвам да са го обучили добре политически. Бил още младеж, просто една символична фигура. Тупак Амару бил невинен, но това нямало да го спаси. На 16 юни 1572 г. испански войски настъпили към Вилкабамба. Когато атакували цитаделата, Тупак Амару успял да избяга с жена си, която очаквала първото им дете. Не стигнали далеч. Обърканият и озадачен Тупак бил

Хванат, докаран в Куско и осъден на смърт на 21 септември, 1572 г. Когато Тупак Амару бил поведен за екзекуцията си, улиците на града гъмжали от народ. Всички били влюбени в красивия млад крал, не само индианците, но и испанците. Те всички искали Франциско да го помилва. Франциско се заключил в кабинета си и отказал да вижда когото и да било. На главния площад на Куско, Тупак Амару се изкачил на мястото за екзекуция. Очевидец пресъздал сцената: как множество индианци наблюдавали този прискърбен спектакъл и как те проглушили небесата с кънтящите си викове, вопли и ридания.

Съществуват две версии за това, какво се е случило после. Според едната, Тупак успокоявал тълпата като говорел с величаво достойнство, “Майко Земя, бъди свидетел, как враговете проливат кръвта ми”. Според друга, той произнесъл несвързана, сълзлива реч и се отрекъл от инкските богове. Всички се молели Толедо да промени решението си. Но от заключения кабинет на Толедо отеквала само тишина. Толедо написал на крал Филип, че това което пожелал Негово Величество относно инките, е извършено. Но Негово Величество не е заповядал смъртта на Тупак Амару, а само решение на индианския проблем.

От този момент вълната на общественото мнение започнала да се обръща срещу Франциско. Толедо завършил мисията, която си бил определил. Затова искал такава публичност и театралност, за да може да изпрати съобщение: “Всичко е свършено, това е.” Но не било така. Когато главата на Тупак била набучена на копие на централния площад в Куско, верните на инкския крал останали да бдят цяла нощ до нея. И веднага се разпространили приказки, че главата на Тупак Амару ставала все по-красива с всяка изминала минута. И след векове тя си оставала все така красива. Тупак Амару бил превърнат като Христос в образ на мъченическа невинност, символ на местната съпротива срещу потисничеството.

За 500 години почти всички популярни въстания в Перу, от големите индиански бунтове през 18 век, водени от Тупак Амару 11, до градските партизански борби в края на 20 век, са били свързани с името и съдбата му. Това е един трагичен мит, защото всички, които призовавали за помощ духа на Тупак Амару, се проваляли. Тупак Амару 11 не успял, Перуанската Революция от 68 г., която разчитала на двама герои с името Тупак Амару, също се провалила. Така както историята превърнала Тупак Амару в трагичен герой, така и образът на Франциско бил превърнат в карикатура на испанската жестокост. Забравени били неговите позиции за справедливост и права на индианците срещу бруталната експлоатация на испанските завоеватели.

Той останал известен само с едно нещо: екзекуцията на невинния крал-момче, Тупак Амару. Но трябва да се помни и кой е написал тази история. Историята на Испания била написана от свещениците, мисионерите, които мразели Толедо. Толедо е смятал всички за равни пред закона. От административна гледна точка, постъпката му била правилна, но по съвест, дали е така, единствено самият той си е знаел. След забележително успешната реформа на колонията в Перу, Франциско се завърнал в Испания, очаквайки почит и уважение за годините на вярна служба. Вместо това изпаднал в немилост и бил подложен на унижения и оскърбления.

Църквата подкопала влиянието, което той имал над крал Филип. Кралят, на когото Франциско служил с бляскава интелигентност и отдаденост, го уволнил без никаква аудиенция. "Връщай се у дома си. Аз те изпратих на мисия в служба на крал, а ти уби крал." Това бил съкрушителен удар. Смъртно наранен, Франциско се върнал във фамилната си къща. Шест месеца по-късно, Франциско де Толедо, петият вицепрезидент на Перу, умрял, изпълнен с покруса и отчаяние. Неговата строга представа за Перу като кралство на справедливостта, никога не се осъществила. Алчността и корупцията в колонията бавно се наложили отново. Индианците били експлоатирани, както никога дотогава. Когато натиска на колониалното потисничество се засилил, споменът за Франциско започнал да избледнява и Вилкабамба се превърнал в трагичен мит, който завинаги ще е свързан с Перу.